Действие разворачивается в 2047 году, спустя 24 года после событий, описанных в Crysis 2. После подавления угрозы цефалоподов возник вакуум власти, который в итоге оказался заполнен C.E.L.L., развившейся из частной военной компании в многопрофильную мегакорпорацию. Установив монополию в ряде ключевых областей экономики, в том числе — в энергетике, C.E.L.L. задействовала финансово-долговые схемы для установления контроля над населением. Нью-Йорк не был восстановлен после боевых действий и окончательно обратился в руины, в которых время от времени разгораются конфликты между войсками C.E.L.L., остатками цефалоподов, выживших после биологической атаки, и повстанцами, сопротивляющимися диктатуре корпорации.